Qui per secoli la tradizione ha indicato la casa di S. Francesco. Finché nel 1615 i Frati Minori, con il contributo finanziario di Filippo III, Re di Spagna, la trasformarono in chiesa.

La chiesa è una elegante costruzione a croce greca, con una cupola maggiore e quattro minori sui bracci della crociera, ispirata al disegno raffaellesco di Sant'Eligio degli Orafi in Roma.
L'interno è decorato da affreschi di Cesare Sermei e di Giacomo Giorgetti, entrambi del secolo XVII.
Nell'area della casa paterna si ricordano due decisivi avvenimenti della vita del Santo.
Qui il Signore in un sogno fece intravedere al giovane Francesco il suo piano di predilezione divina.
Qui il giovane, incarcerato dal padre nel sottoscala, decise di rispondere alla chiamata con un gesto evangelico: la rinuncia all'eredità.

La casa era a tre piani. A piano terra il negozio di stoffe del ricco mercante Pietro di Bernardone e forse anche i laboratori e la tintoria. Al primo piano, il piano attuale della chiesa, i locali diurni della famiglia. Al secondo piano, ora scomparso, le camere da letto.
La tela del Sermei sull'Altare Maggiore è quasi all'altezza della camera del giovane Francesco.
Dal 1400 nei documenti si parla di una cappella nella casa di Francesco.
E' ancora conservata la vecchia strada della città, su cui si affacciava l'ingresso della casa dove, come dice Dante Alighieri: "nacque al mondo un sole".
Quella strada è dedicata a Pietro di Bernardone. Vi si apre un antico locale, indicato come il fondaco o negozio dove S. Francesco fece la sua prima esperienza di mercante.
Qui avvenne un altro episodio di generosità: si era presentato al giovane un povero a chiedere l'elemosina. Francesco lo aveva trascurato ed il mendico se ne era andato. Ma quando il giovane mercante si avvide della propria grettezza, lo rincorse lungo queste viuzze e gli riversò generosamente in mano quanto aveva in tasca.